İ.T.Ü. Meslek Yüksekokulu 1995 yılında Denizcilik Bölümü Gemi Makineleri İşletme, Güverte ve Deniz Haberleşme Programları ile Şişli Belediyesi eski binasında Eğitim-Öğretime başlamıştır.

1996 yılında Deniz Haberleşme Programı kaldırılmış öğrencileri Güverte Programına intibak ettirilmiştir. Aynı yıl Meslek Yüksekokulu, Pendik Anadolu Denizcilik Meslek Lisesi binasının bir bölümüne taşınarak Eğitim-Öğretimini sürdürmüştür.

Ancak bina ve altyapı eksiklikleri nedeniyle 2001 yılı itibariyle öğrenci alımına son verilmiş, Eğitim-Öğretime sadece II.Öğretim Gemi Makineleri Programı olarak devam edilmiştir.

2002-2003 yıllarında Ortaköy’deki Ziya Kalkavan Anadolu Denizcilik Meslek Lisesi ile 2004-2005 yıllarında ise Pendik Anadolu Denizcilik Meslek Lisesi ile ilişkilendirilerek Eğitim-Öğretim sürdürülmüştür.

İ.T.Ü.Meslek Yüksekokulu 2005 yılı itibariyle Mekatronik Laboratuarı Binasına geçici olarak yerleşmiş ve binanın hazırlığı süresince dersler Maden Fakültesi dersliklerinde yapılmıştır.

2006-2007 Eğitim-Öğretim yılında Mekatronik Laboratuarı Binasında yapılan tadilat ile Denizcilik Programları Bölümü’nde; Güverte ve Gemi Makineleri İşletme programları, Teknik Programlar Bölümü’nde; Elektronik Haberleşme ve Endüstriyel Elektronik Programları, İktisadi ve İdari Programlar Bölümü’nde; Turizm ve Otel İşletmeciliği Programı olmak üzere 3 Bölümde Gündüz Öğretim ve II.Öğretim olarak 5’er Programı ile yeniden yapılanmaya gidilmiştir.

2007-2008 Eğitim-Öğretim yılında Mekatronik Laboratuarı Binasının yetersizliğinden Ayazağa Yerleşkesi İ.T.Ü. Rektörlüğü Ek Binasına taşınmış halen Eğitim-Öğretimine bu binada devam etmektedir.